公式プラグインディレクトリーが多言語対応していない

完全に推測ですが、一応オープンソースなので多言語対応してほしかったら自分で機能を追加してよ、と英語圏の開発者は思っているのかもしれませんね。
しかし多言語対応してほしいのは英語での技術的な話が難しい層だったり、それが可能な開発者は自分では英語を読めるため他の機能やデバックに注力してしまうような…まぁ実際どうかわかりませんが。

wordpress.org 配下のサイトじゃないので、本家のデザインそっくりにするのは、かえってよくないと思います。

確かにそうですね、逆に怪しくなってしまうか。
個人的に思っていたのは、昔からいくつかあった日本のwordpress向けサイトは、好意で開設したサイトゆえサイトデザインにオフィシャル感が希薄なため、自分が初心者だった頃ここのpluginを使おうと踏み切るのに若干勇気が要ったのが気にかかっていたのです。
特にwordpressのpluginは似たような機能のものが多数あり、何度も更新放置したものに序盤でぶち当たるため、余計に警戒してしまう事がありました。（当時日本語のplugin情報もかなり少なかったのもありますが）
しかしオフィシャルじゃないのに類似したデザインは確かに問題ですね。

やはり公式pluginのようにwordpress自体から更新をかけれるとその辺の懸念もだいぶ解消されるという意味では、JSeries Notifier は今後に向けてという意味でもいいpluginだなーと、最初に見た時凄く関心したのを覚えてます。

余談ですがちょいちょいこういった話をwordpress関係の記事に俺が書くのは、昔から（少なくとも日本では）wordpressは開発者やそれに順ずる技術力を持った人の方に偏った雰囲気を感じていたからです。（名前と概要だけ紹介、後は調べてね→リンクから飛ぶと全部英語サイト、という形は素人に導入を諦めさせるのに十分な威力をもっていると思います）
wordpress信者ではないですが、ちょうど今色んな要因で日本での普及が進みそうな雰囲気なので、英語力のない俺も様々な情報を得られやすい環境になるには是非もっと普及して欲しいと思う反面、初心者に優しいとは言えないよなぁとジレンマを感じているのです。
個人的に最も初心者が導入しにくい原因はwordpressのヴァージョンアップが早すぎる上に、そのたびに大幅にインターフェイスが変わりすぎるんで、折角増えてきた書籍も最新ヴァージョン対応となると数限られてしまう状況がある気がしてますが。（1年前まで2.5程度だった気がするのに、いつの間にか2.8の話題が出てきてるような…。）

とりあえず、WordPress 日本語版では、管理パネルに JSeries ウェブサイトへのリンクを入れてもらう等、「あやしいものではない」ように見える努力はされています。

あと、現状の JSeries ウェブサイトを更新する計画はあるので、そのときにデザインをどうするかは検討してみます。ただし、wordpress.org 配下のサイトじゃないので、本家のデザインそっくりにするのは、かえってよくないと思います。それをするならば、http://plugins.ja.wordpress.org/ のような wordpress.org 配下のサイトにする方がよいでしょう。

なお、JSeries Notifier は SourceForge.jp の画面表示からバージョン番号を解析しているので、SourceForge.jp のデザインが変わってしまうと動作しなくなる問題があります (過去リニューアルで更新ができなくなった事例あり)。今後は、SF.JP に API を置いて、そこにアクセスするような方向にすることを検討しています。もしくは、JSeries Notifier 自体は本家に置いてしまうか。

とりあえず既に大量の記事がある状態でショートコードを使ったpluginを停止するケースでは、自作pluginもしくはfunction.phpを停止するpluginと同じショートコードで呼び出し、なんらかのタグに置き換えると一応対応にはなるかなと。
その辺を自動化するpluginがあったら面白いのかもしれない、停止したpluginのショートコードと置換タグを管理画面で指定するだけのものとか…個人で作って使うレベルのものな気がしてきた。

ショートコードは個人的にはfunction.phpでの使用しか経験してませんが、あまりに使いやすいので全部これでやってしまいたい衝動に駆られる一方、自力で上記対策が出来ない人の利用も想定するpluginではやはり結構危ない気がしてます。

JSeries pluginに関しては完全に書き方を間違えてました。
そもそもユーザーにとってはpluginが公開されているのが公式じゃない以上、個人サイトだろうがJSeriesだろうが関係ない話で、むしろ一箇所に日本語で簡単に使えるpluginが集まっているのは利点なんだという、ごく当たり前の事に気付きました。
またplugin作者側の意見も参考になりました、俺も英語さっぱりなので日本語化されてないpluginをいじるには一定の気合が必要になりますし、なにより公式でしか公開が難しい場合plugin開発のハードルが高くなりすぎるか…。

これはむしろwordpress公式の問題がしてきた、クオリティコントロールしてる訳じゃないんだから自動アップデート機能をAPIか何かで公開してくれたらいいのに。

JSeriesに関しておおむね考えを改めましたが、唯一デザインだけはやはり本家に似たものがいいんじゃないかなぁと思ってたりします。

言語名の表記のon/offが出来ない

これは確かにそうですね。私の趣味で出してますが、消せるようにしたほうが嬉しいですね。

ショートコードによる記述方法

ご指摘の件も分かりますが、ショートコードによる記述は仕様変更がしやすいという利点もあります。
私は、以前 iG:Syntax Hiliter を使っていたのですが、気に入らなかったため同じショートコード構成を持つ別のプラグインを作ってしまったのがこれです。
今回も SyntaxHighlighter library が 1.5.x → 2.0.x にバージョンアップした際に
<pre name="code" class="言語名"> から <pre class="brush: 言語名;"> に書き換える必要があったんですが、過去記事の修正が不要でした。

JSeries pluginである

このプラグインに関しては JSeries に置いておく必要は無いのは確かです。
JSeries は、日本特有の文化に乗ったものや日本語化されていない海外のプラグインの日本語化ってのが大前提なので….
ただ、私が英語に堪能ではないので、他言語圏の方からサポートを求められても対応が遅くなってしまうというだけの理由で JSeries に置いてます。
もうちょっとキチンと仕上げたら、公式に登録するつもりはあるんですが、なかなか (^^;;;

私のように語学に堪能でない日本のプラグイン作者が気軽にプラグインを発表できる場として JSeries が貴重な場であることは確かなのです。

今回は、色々と要望ありがとうございました。
とても参考になります。